rsHRF--SPM插件

下载

可通过以下网址下载：
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ext/#rsHRF
https://www.nitrc.org/projects/rshrf/
直接下载地址：rsHRF, 点击Clone or Donwload

PPT手册

在rsHRF的安装包里面带有rsHRF_toolbox.pptx的文件，该文件简单介绍了该插件的安装，使用方式，以及结果输出的解释。

安装

rsHRF提供两种安装方式：

代码安装

直接运行代码rsHRF_install_SPM.m，即可完成安装。

在command windows里面启动：

1

rsHRF_install_SPM

手动安装

必须将rsHRF工具包解压后放置在 ./SPM/toolbox/ (请保证解压后有rsHRF.m文件的路径为: ./SPM/toolbox/rsHRF/rsHRF.m, 不能处于多级目录下。文件夹名字也请改为rsHRF)
在command windows里面启动：

1

spm fmri

之后，即可以通过spm的batch界面处理单个被试的静息态HRF去卷积和连接分析；此时，可在command windows里面启动GUI：

1

rsHRF

或

1

spm_rsHRF

若要单独启动connectivity分析模块，则输入

1

rsHRF conn

或在spm界面上的toolbox下拉框内可见rsHRF，直接点击即可。

点击相应的按钮(voxels/ROIs/Signals)可启动spm的batch界面，如果没有导入任何内容，则说明rsHRF未被正确安装。

示例job

在spm batch editor里面load batch (在工具包里面的demo_jobs里面带有多个batch文件可供选择)

测试数据

数据下载地址如下：

链接: https://pan.baidu.com/s/1nlz4hDKFDAY9eAW9lIqJiw
密码:66m2

体素水平上的分析(voxel-level analysis)

个体空间上的静息态HRF估计及去卷积 (推荐!)

将静息态fMRI数据的简单预处理(slice timing(非必须)，realign)后，该工具包可提供HRF估计前的一些其他处理步骤（可选，若这些去噪步骤已经做完，可以不用加上这些步骤–即不选或者选NO），包括：去协变量（WM，CSF，头动）(推荐)，去漂移，带通滤波(推荐)，despike(抑制过大的信号波动)。接着就可以进行HRF估计和去卷积。在输出路径上，你将得到Response Height, FWHM, Time to Peak三个从HRF函数上估计的参数(可用于后继的统计分析)，以及对应的HRF去卷积后的BOLD数据。

MNI空间上HRF估计

将静息态fMRI数据的简单预处理(slice timing(非必须)，realign，normalization)后，该工具包可提供HRF估计前的一些其他处理步骤（可选，若这些去噪步骤已经做完，可以不用加上这些步骤–即不选或者选NO），包括：去协变量（WM，CSF，头动）(推荐)，去漂移，带通滤波(推荐)，despike(抑制过大的信号波动)。接着就进行HRF估计和去卷积。在输出路径上，你将得到Response Height, FWHM, Time to Peak三个从HRF函数上估计的参数(可用于后继的统计分析)，以及对应的HRF去卷积后的BOLD数据。

关于平滑的说明：可在normalization后执行spatial smooth(可以提高信噪比)，或者在做完HRF这步之后再做平滑。
关于outlier去除：如果你点选了这一项，相应的将会产生带有‘_Olrm’后缀的文件。

ROI水平的静息态HRF估计及去卷积

基于模版的ROI水平静息态HRF估计及去卷积 (ROI-level analysis)

基本步骤同体素水平，但需要加上ROI的定义：基于坐标画小球，或者选择Atlas的NIFTI文件。

已经提取好信号的静息态HRF估计及去卷积 （signals）

直接选择这些信号文件（txt或者mat文件），加上一些可选的去噪步骤，即可执行HRF去卷积，输出的信号文件即可用于FC/GC的分析。

关于Atlas或mask的说明：只需保证与fMRI数据是同一个空间上的(若在个体空间上，两者已做过了coregister; 若在MNI空间上，两者只要都是MNI空间上即可)，不需要保证体素大小相同，建议：atlas或mask文件的体素大小不要高于fMRI数据的体素大小。

注意

对于rsHRF ver2.0，在选择preprocessed volumes时，可以只选择第一张图像(frame)，也支持选择所有frames。但每次只能输入一个4D文件，即我们只提供单个被试的处理。如果需要批处理，可通过batch editor生成一个job文件/代码（File，Save Batch and Script），稍微更改和添加必要的变量，形成一个函数文件用于循环调用。
对rsHRF ver1.0， 在选择preprocessed volumes时，如果输入的是一个4D文件，它默认的选择(Frames为1)如下：

这时如果只是选择该文件，意味着你只选择了一张图像，它无法自动去检测出剩下的时间点(即2:end的volumes)，我们需要在Frames里面填上1到该文件所含的总volume数（或者简单填上一个明显比volume数大的数字），即在frames栏填上1:k (比如1:5000)，这时该窗口立马变成如下情况，将对应的1到k的文件选择上即可(比如简单点击Done左边的Rec把所有文件选择上，因为此时待选择的文件就一个rest.nii文件)。